Tot 1672 is er geen orgel in de kerk. Om de liederen in te zetten is er de voorzanger. Zo lezen we in de notulen van 1670 dat de "voorleeser sal inzetten naar dat de lijder offte psalmen lanck sijn, opdat de predicant precijs ten 9 ure kan op de predigstoel koomen". Maar in 1672 wordt een orgel aangeschaft bij "sekere Drijve te Haarlem voor een civiele prijs", dat kwam dus pas ruim 50 jaar na de bouw van de kerk.

Het huidige orgel van onze kerk dateert van het jaar 1762. Vijf jaar later al, in 1767, werd voor ongeveer 1.000 gulden aan dit orgel gerepareerd. Maar al spoedig blijkt ook deze reparatie onvoldoende, want in 1782 wordt tot algehele reparatie van het orgel overgegaan. In dat jaar verzoekt de organist, de heer Kliebisch, zijn ontslag. En omdat er dan toch een nieuwe organist komt wil men ook werkelijk een goed orgel ter beschikking hebben.

Drie firma's worden in de gelegenheid gesteld mede te dingen voor de orgelrestauratie: Mettery, orgelmaker te Leiden, Christoffel Batz te Utrecht en Andries Wolfferts te Rotterdam. We lezen in de notulen: "Geëxamineerd zijnde is bevonden, dat het bestek van de orgelmaker Wolfferts te Rotterdam merkelijk minder is dan de voormelde andere twee anderen, is met eenparigheid van stemmen besloten om de orgelmaker Wolfferts te verzoeken om over te komen om naeder met Zijn Ed. over het orgel te spreken en een bestek in orde te maken". En verder horen wij: "Voor het maken van dit orgel, zal de orgelmaker genieten van de Weleerw. Kerkeraad van deeze Gemeente Eene Somma van Drie Duyzent Agt Hondert Guldens".

Op 18 april 1790 wordt het orgel dan plechtig tot zijn dienst ingewijd door de nieuwe organist, de heer C. F. Ruppe. Een verslag hierover vinden wij in de Leydsche Courant no. 49 An-no 1790 van Woensdag 21 april: "Nadat het Nieuw Orgel in de Lutherse Kerk binnen Leyden door den kundigen Orgelmaaker A. Wolfferts, woonachtig te Rotterdam, gemaakt, te nauwkeurigste geëxamineert en in alle deelen goed en volkomen bevonden is door den daartoe aangestelden Examinator en Organist van gemelde Kerk, C. F. Ruppe, is hetzelve op de 18 April zoo wel des voor- als na de middag plechtig ingewijd geworden, ieder keer niet alleen met een gepaste Leerrede, gehouden des morgens door den Wel Eerw. Heer W. Reuter, uit Eph. V: 19 en des namiddags door den Wel Eerw. Heer C. Retman uit Psalm XCVIII: 4, 5, 6, maar ook met een luisterrijk Orgel-Concert, expres voor deze geleegenheid door den beroemden Componist C. F. Ruppe gecomponeerd en onverbeterlijk uitgevoerd, zijnde geaccompagneerd door een groot en sterk Orchest van Vioolen, Alten, Bassen, Contra Bas, Clarinetten, Fluiten, Bassons, Waldhoorn, Trompetten en Pauken, voor en na de Predikatie zijn de gepaste gezangen insgelijks door het Orgel en het Orchest beurtelings geaccompagneerd geworden. Deze geheele plegtigheid wierd geen geringe luister bijgezet door de tegenwoordigheid van Haar Edel Groot Achtbaarheden, die van den Gerechte dezer Stadt, welke, en corps van 't Stadhuis komende, aan de Kerk gerecipieerd wierden; de toevloed van menschen, van allerlei rang en gezintheid, was onbeschrijflijk groot, een ieder was even begeerig, om het uitmuntende Orgel, dat zijn Maker kroont, en het ander Muzyk, daar ieder de grootste verwachting van had, te hooren; alles ondertusschen heeft volkoomen aan de verwachting beantwoord, en is in de grootste order afgeloopen."

Deze orgelinwijding had dus wel belangstelling, zelfs van de burgerlijke overheid van onze stad. Behalve het in bovenstaand verslag genoemde "luisterrijk Orgel-Concert" is in het archief bewaard gebleven van dezelfde componist een Oktet en orgelpartij van Psalm 150 en Gezang 152, vervaardigd voor het 3e eeuwfeest der Reformatie, gevierd op 2 november 1817.

Na deze restauratie en uitbreiding kon het voor de eredienst zo onmisbare instrument weer jaren mee. Voor het eerst lezen we weer iets over "het orgel onzer Kerk, aan veele ongemakken laboreerende" in het jaar 1834 (11 Juny).

Het orgel onderging grondige wijzigingen in 1865 door Wed. Lohman & Schaaffeld en in 1932 door van Leeuwen. In 1930 wordt het orgel schoon- gemaakt en hersteld, ook wordt dan er een electro-moter aangebracht om de orgeltrapper te vervangen. In 1965 wordt het orgel gerestaureerd door Jac. v.d. Linden, onder advies van Adriaan Blankenstein. Materiaal en mensuren zijn aangepast aan het bestaande pijpwerk, waarvan behalve het originele pijpwerk van Wolfferts, ook het bruikbare materiaal van Lohman gehandhaafd bleef.
Alle windladen zijn nog de oorspronkelijke van Wolfferts. Bij de restauratie werden ook de frontpijpen ontdaan van hun ontsierende metaalverflaag.